In der Mitte der 90er-Jahre wuchs die Erkenntnis, dass die am Bültsee im Frühjahr und Herbst eingesetzte Schafherde die Ausbreitung der Gehölze und des Schilfs im Uferbereich nicht aufhalten konnte. Damit einher ging ein immer stärker Rückgang der weiter unten beschriebenen Pflanzen der Strandlingsgesellschaft. So begann Bunde Wischen e.V. in Zusammenarbeit mit der Stiftung Naturschutz 1996 mit der Freistellung der Uferbereiche und dem Abtransport des Material unter großem Maschineneinsatz. Schnell wuchs die Erkenntnis, dass der Bültsee so zum Dauerpflegefall werden würde. Die ersten Beweidungsversuche mit Galloways am Nordufer waren allerdings so vielversprechend, dass bis Ende der 90er Jahre bis auf wenige Abschnitte das Naturschutzgebiet unter ganzjähriger Gallowaybeweidung stand. Die Beweidung hält die Vegetation in den Uferbereichen kurz und so haben viele der sehr seltenen Arten wieder erheblich zugenommen.
Der Bültsee liegt 6 km nordwestlich von Eckernförde und gilt als einer der letzten noch einigermaßen nährstoffarmen Seen in Schleswig-Holstein und in Deutschland. Seit 1982 ist der 20 ha große See mit ca. 35 ha angrenzenden Flächen als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Der zu- und abflußlose See selbst befindet sich im Eigentum der Gemeinde Kosel, die angrenzenden Flächen gehören der Stiftung Naturschutz Schleswig-Holstein. 

In den 90er Jahren wiesen die Fachleute im gesamten NSG 36 Gefäßpflanzen der Roten Liste und 17 gefährdete Algenarten nach. Unter diesen finden sich auch die Charakterarten der Lobelien-Brachsenkraut-Seen: die Wasserlobelie (Lobelia dortmanna), das Brachsenkraut (Isoetes lacustris) und der Strandling (Littorella uniflora). Die Lobelie blühte 1997 und 1998 mit 15 bis 20 Exemplaren im lockeren Schilf des Flachwassers am Nordufer. Bis 2001 ist der Bestand noch weiter zurückgegangen. Das Brachsenkraut – ein lebendes Fossil unter den Pflanzen - kommt mit ca. 100 bis 150 Individuen (1997) unterhalb der Niedrigwasserlinie vor. Der Strandling ist die einzige der zuvor genannten Arten, die noch ausgedehnte Bestände von teilweise mehreren hundert Quadratmetern Größe bildet.

Der seit Jahrhunderten in der Umgebung des Bültsees wirtschaftende Mensch hat wahrscheinlich den heute schützenswerten Pflanzen das Überleben bis ins 21. Jahrhundert hinein ermöglicht. Die Nutzung als Wiesen oder Weideland hat die Ufer von Gehölzen freigehalten. Da nicht gedüngt wurde, fand außerdem ein steter, wenn auch geringer Austrag von Nährstoffen statt, da der Mist aus den Ställen nur auf den hofnahen Äckern ausgebracht wurde. Erst die in der Mitte unseres Jahrhunderts einsetzende Intensivierung in der Landwirtschaft eröffnete die Möglichkeit, geringwertiges Grünland auf sandigen Böden - wie das am Bültsee - mit Hilfe intensiver Düngung zunächst in Intensivgrünland und schließlich sogar in Ackerland umzuwandeln. Dieser Vorgang führte wegen der durchlässigen Böden zu einer schnellen Eutrophierung des Grundwassers und in unmittelbarer Folge auch des Bültsees selbst. Nach Aufgabe der Nutzung nahmen die Gehölze und hohen Stauden im Uferbereich schnell zu, der resultierende Lichtmangel gefährdete die hier ursprünglich vorhandenen, auf nährstoffarme Verhältnisse angewiesenen Pflanzen­gesellschaften zusätzlich.